웹2.0과 생물정보학

웹2.0과 생물정보학

  9월 08, 2009    oulim78

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생물지리학, 생물정보학이란 용어는 대학원에 들어서야 접할 수 있었던 것 같다.
생물지리학은 GIS의 개념정도만 이해했을 뿐 특별히 툴을 사용할 줄 아는 것도 아니었고 생물정보학 역시 처음 접했을 때는 대부분이 분자생물학, 유전학쪽으로만 주로 언급이 되던 때라 내 분야와는 크게 관련이 없다고 생각했었다. 그저 나중에 기회가 되면 배워보고 싶다는 막연한 생각뿐이었다.

대학원 졸업후 웹프로그래밍을 본격적으로 시작하면서 느낀 것이 많았는데 대부분은 내가 이런 분야들에 대해 제대로 알지 못했다는 점이 가장 컸던 것 같다. 생물지리학이나 생물정보학을 어떻게 활용해야 할지에 대해서도 개념이 잡혀져 갔다. 생물정보학은 국내에는 지금도 화학, 분자생물학, 유전학분야에 치우져 알려지고 있는 듯 하나 국가생물종지식정보시스템을 비롯한 여러 생물관련 데이터베이스들 모두가 생물정보학의 영역에 속한다고 할 수 있다. 특히나 산림청의 국가생물종지식정보시스템은 각 분류군마다 DB도 방대하고 잘 구축되어 있는데다가 분류군간의 정보연동도 잘 되어 있어 좋은 데이터베이스의 예라고 생각된다. 그러나 시선을 국내가 아닌 국외의 다양한 생물데이터베이스로 돌리면 시도는 되고 있으나 국내의 생물정보학, 특히 분류학을 포함한 기초과학분야는 아직 불모지라고 생각한다.

한번은 학회에서 영남대 바코드라벨과 표본정리에 관련된 포스터를 본 적이 있는데 매우 인상적이었다. 그후 관심있게 보았는데 영남대곤충실험실에서 제작한 사이버자연사박물관은 의욕적으로만든 국내 생물분류학 분야에서 제대로 만들어졌던 생물DB의 한 예라고 생각된다. 전문가들에게만 아이디를 제공한 점에서는 한계라고 생각되지만 아마도 데이터베이스의 수준을 고려한 조치였다고 생각된다. 한번은 기회가 있어 구축한 사람에게 바코드라벨시스템 시연을 부탁해서 본 적이 있는데 그것이 계기가 되어 웹프로그래밍을 공부하면서 비슷한 시스템을 만들었었다. 부족한 점이 있긴 했지만 계기가 되어 직접 구현해보니 느끼는 감회가 새로웠다.

국내에서 제대로 만들어진 생물정보학관련 프로그램을 거의 없는 것 같다. 있다하더라도 유전학분야에 편중된 경우가 대부분이다. 국외의 프로그램들을 벤치마킹하면서 많이 접해보았는데 국내엔 소개도 잘 되어있지 않고 제품도 거의 없다. 아마도 수요가 그리 많지 않기 때문인 듯 하다. 벤치마킹하면서 한가지 재미있었던 점은 여러 프로그램들이 전문적인 프로그래머에 의한 것이 아니라 연구자가 직접 개발해 배포하거나 판매되기도 한다는 것이었다. 역시 필요한 건 스스로 만들게 되어있나보다. 내게도 만들고 싶은 프로그램이 몇가지 있다. 아직 오프라인 프로그램은 배우는 수준이나 가능할 때가 올 거라 믿는다.


GBIF라는 기관에서 전세계의 생물종정보를 일정 규격으로 맞추어 통합하여 정보이용을 한눈에 쉽게 하려는 시도가 계속되어왔는데 우리나라도 여기에 참여하여 표준화 작업을 계속하고 있다. 개인적인 생각으로 우리나라는 고유의 생물종 DB가 아직 제대로 되지 않았는데 표준화에만 너무 초점을 맞추고 있는 것 같다. 표준화를 위한 포맷은 구축할 데이터베이스에 고려해야할 참조대상일 뿐 국내에 가장 잘 맞는 제대로 된 데이터베이스의 구축이 우선시되어야 한다고 생각하고 관련된 양질의 프로그램이 많이 이루어지는 것이 우선시되어야 하지 않나 싶다.

프로그래밍을 공부하면서 유투브나 여러 사이트들을 통해 국외의 생물학관련 강의를 접하게 되고 여러 자료들을 보게 되었는데 모든 나라에 해당된는 이야기는 아니겠지만 일부 선진국에서는 대학에서 자연과학계열 1학년 과정에 프로그래밍과정이 필수과정으로 되어있다고 한다. web2.0시대에 발맞추려는 발빠른 움직임이라는 생각이 들었다. 지금은 대학 교과과정이 어떻게 되어있는지 모르겠지만 내 경우 98년에 컴퓨터수업에 DOS Basic문법을 실습도 없이 배웠던 기억이 난다. 그후 컴퓨터를 활용한 홈페이지 제작관련수업, 워드프로세서 관련 수업을 제외하고는 생물학과에서 컴퓨터관련수업은 모두 선택이었다. 프로그래밍이 필요하다는 생각에 군 제대후 바쁜 3학년을 보내며 틈틈이 부족했던 워드관련 수업을 들었고 4학년땐 졸업을 앞두고 visual basic과 java를 배웠다. 졸업을 위한 학점은 이미 충분했기 때문에 처음 접하는 프로그래밍 수업을 마지막 학기에 2개나 신청해서 들었었다. visual basic은 어떻게든 따라갔지만 익숙하지 않은 영타며 처음 접하는 개발툴에 간신히 c+을 받은 것 같다. java는 거의 강사의 말을 알아듣지 못했다. 성적은 4학년 졸업반이라고 F학점은 면해준 것 같았다. D아니면 D+을 받은 기억이 난다. 하지만 성적이 중요한 것이 아니라 이 수업이 내겐 하나의 계기가 되었다. 군에서 말년에 배운 html을 꾸준히 해서 PHP를 독학할 때 큰 기반이 된 것처럼 프로그래밍 수업은 내가 그동안 익히고 공부해 온 것들을 실제로 구현할 수 있는 계기를 마련해 줄 것이라 생각한다. 아직은 오프라인 프로그래밍이든 온라인 프로그래밍이든 많이 익숙하지는 않지만 많은 사람들에게 도움이 되는 프로그램을 개발하고 싶다.